SCCM 2012具有一种强大的功能，就是有能力把服务器和用户收收集并归纳到管理组或者集合里。SCCM集合系统可以根据操作系统组织分类，以帮助促进操作系统升级或补丁；SCCM集合系统还可以基于硬件特性来组织分类，以改善物理维护或需要硬件升级时候能够追踪系统；SCCM集合系统也可以基于应用程序组织分类，以加速软件、补丁部署等应用。集合不仅可以直接应用于期望系统（一种永久性分类），而且集合也可以应用于动态响应的查询。这类特性允许管理员根据所需求的期望硬件或软件的特性来查找和组织系统。

SCCM提供客户端，如同支持自带的Windows服务器一样支持Linux和Unix系统。Linux和Unix系统默认包含在“All Systems”集合里。非常适用于总体、企业范围内的库存，并且不需要任何技术来创建特定的集合来适应Linux或Unix系统。然而，“All System”集合在集中库存评估中是没有多大的价值的，它甚至可能在常见的管理任务中导致意想不到的错误。例如，如果Windows和Linux系统混淆在同一个集合，并且该集合应用了Linux补丁，那么这个补丁程序可能只会报告部分修复成功，尽管在这个混合集合里的所有Linux系统都可能已经全部正常更新了补丁。

管理员可以在创建更多的系统粒度集合的时候应用一系列的成员规则。在配置管理控制台中，选择Assets和Compliance，单击Device Collections，在Home标签中找到Create group并且选择Create Device collection，接下来就开始创建设备集合的向导。向导开始时，管理员可以在General页面中自定义集合的命名和描述，然后在Membership Rules页面中添加集合成员和设定规则。这里没有针对Linux和Unix系统集合的“preferred”规则，因为规则只会应用到集合成员的四个逻辑过滤器中。
 
直接规则明确规定了用户或者系统作为集合的一部分。这类查询规则允许动态成员基于定期预定查询的结果来做查询。例如，管理员可以创建一个关于财务用户的集合，只要这个集合中有用户增加或者移除的时候，集合会自动更新。类似的基于集合的查询也可以从硬件和软件特征收集信息。这种具有包含行的集合查询允许一个集合包含另一个集合查询。排除集合规则允许管理员预防已经被选择的集合成员包括在新的集合里。如果被包含或被排除的集合被更新,那么新的集合也相应更新，多个包含和排除规则可以被添加到新的集合。

数据中心越来越关注基于Linux的服务器，因为它可以提供更加稳定和更有效率的虚拟化环境，特别是当它使用如同Docker、LXC、Lmctfy和其他开放式操作系统虚拟化的新型容器。System Center 2012 Configuration Manager等工具可以帮助组织和管理Linux、Unix和Windows操作系统。但需要特别注意的是整合和组织Linux操作平台对于数据中心是很有意义的。